Uma ferramenta muito útil na construção de fluxogramas é o programa Bizagi.
Uma versão freeware pode ser baixada através do link:
http://www.bizagi.com/
E este é o visual do programa:
Esta ferramenta é muito fácil de utilizar, mas para melhor aproveitamento, você encontra diversos tutoriais na internet.
Já utilizei, aprovei e recomendo!